W pierwszych rozpaczliwych dniach wojny, Śladem został ustanowiony przez UNSC Protokół Cole'a, mający na celu ochronę Ziemi i jej Kolonii Wewnętrznych przed odkryciem przez bezwzględnego obcego wroga. Do Kolonii Zewnętrznych wysłano więc wielu specjalistów, aby usunęli istniejące dane nawigacyjne. Jednym z nich jest porucznik marynarki Jacob Keyes. Po długim czasie spędzonym z dala od działań z powodu odniesionych ran, Keyes zostaje ponownie wrzucony do akcji i otrzymuje ściśle tajną operację ONI. Zaprowadzi go ona głęboko za linie wroga, do zapomnianego zakątka kosmosu, gdzie nic nie jest takie, jak się wydaje. W Koloniach Zewnętrznych leży planeta Hesiod, gazowy olbrzym otoczony rozległym pasem asteroid. W miarę jak Stado osłania ludzkie kolonie w pobliżu Hesiodu, wielu uchodźców, wspieranych przez fortecę Ludzkich Powstańców, zbiera się tutaj i szuka schronienia w pasie asteroid. Przekształcają orbitujące satelity w prowizoryczne, lecz pomysłowe osiedle znane jako Ruiny, stykają się z Kig-Yar, członkowskim narodem Stada… i walczą o przetrwanie. Wieści o niezwykłym rozejmie docierają do obu walczących stron. Na szczęście dla UNSC, chwiejny sojusz stoi na drodze Spartiańskiego Szarego Zespołu, ekscentrycznej trzyosobowej grupy, której jedynym celem jest sianie zniszczenia za liniami wroga wszelkimi dostępnymi środkami. Lecz Prorocy również wysłali swojego najlepszego: ambitnego i bezlitosnego Sangheili, którego dążenie do pozycji i uznania może być mierzone jedynie jego brutalnością - i który zrobi wszystko, by zapewnić sobie Wzniesienie i możliwość kroczenia Drogą.