Paryż Doktor John Dee prawie zniszczył francuską metropolię, tylko po to, by schwytać nieśmiertelnego Nikolasa Flamela oraz bliźnięta Sofię i Josha Newmanów. Ulice Paryża są zdewastowane, katedra Notre-Dame zniszczona, a dom hrabiego de Saint-Germaina się zapada. Dee zdobył co prawda księgę maga Abrahama, ale wciąż brakuje mu dwóch ostatnich stron końcowego rytuału. Bez nich pradawne istoty nie mogą powrócić i zawładnąć światem. Dee podejrzewa, że panowie ciemności nie ustąpią, dopóki ponownie nie zdobędą władzy nad światem i nie zniszczą rasy ludzkiej. Jeśli im się nie uda, czeka go koniec. Londyn Serce Nikolasa Flamela krwawi na widok ukochanego miasta rozpadającego się na jego oczach. Dee i Machiavelli bezlitośnie niszczą miasto, ale Flamel również odgrywa pewną rolę w tej zagładzie. Sofie i Josh potwierdzają, że są legendarnymi bliźniętami, a Nikolas musi chronić ich przed pradawnymi istotami z ciemności, tak samo jak pozostałe strony Kodeksu. Alchemik jednak słabnie z każdym dniem. Perenela wciąż tkwi w pułapce na Alcatraz. Teraz, gdy stracili także Scatty’ego, grupa pozostała bez ochrony. Do obrony pozostał im jedynie kamienny miecz Klarent - bliźniak Excalibura. Klarent ma moc, o jakiej ludzie nawet nie śnią, ale też zdradliwe skutki. Każdego, kto używa miecza, powoli pożera ukryte zło, które w końcu pochłania całą jego osobowość. Nikolas musi znaleźć kogoś, kto wtajemniczy bliźnięta w magię trzeciego żywiołu - wody. Tylko wtedy będą mieli jakąś szansę pokonać Johna Dee. Niestety jedynym, kto wchodzi w grę, by uczyć Sofię i Josha, jest Gilgamesz, ale jest on w pewnym sensie chory psychicznie.