Skripta Mikrobiologie v technologii vod se zabývají obecnou a systematickou mikrobiologií a její aplikací v přidružených oborech a technologiích. Podány jsou všechny potřebné informace a návaznosti se spolupracujícími obory a podobory, např. legislativa, hygiena, hydrobiologie, hydrochemie, genetika, biochemie, technologie úpravy vody a technologie čištění odpadních vod.

První kapitola je věnována úvodu do předmětu, seznamuje s předmětem studia mikrobiologie, specifikací oborů (virologie, bakteriologie, mykologie), s historií a aplikovatelností oboru. Druhá kapitola pojednává o nebuněčných organismech, virech, viroidech a prionech a prostředí, ve kterém se vyskytují. Do kapitoly byly zařazeny informace týkající se reprodukční strategie virů. Rozsáhlejší třetí kapitola je přehledem charakteristiky buněčných organismů, specifikovaných prokaryotickými (archebakterie, eubakterie) a eukaryotickými organismy (houby). Uveden je charakter stavby buněk, morfologie, chemické složení buněk, fyzikální vlastnosti buněčných povrchů a systematické členění bakterií a hub na jednotlivé taxonomické jednotky.

Ve čtvrté kapitole je specifikováno prostředí mikroorganismů (tzv. abiotické faktory) ovlivňující jejich výskyt, a dále pak ekologické vztahy mezi populacemi a společenstvy navzájem. Specifikovány jsou i choroby, jež způsobují. V páté kapitole jsou uvedeny základy růstu, dělení a rozmnožování prokaryotických a eukaryotických organismů (bakterií a mikromycet). Na tuto kapitolu navazují kapitoly šestá a sedmá, kde je specifikován metabolismus a výživa. Uvedeny jsou základní cykly vztahující se k syntéze či štěpení bílkovin, polysacharidů, tuků a nukleových kyselin. Indikátory znečištění vod, koloběhy prvků v přírodě a specifické skupiny organismů ve vztahu k prostředí, jejich význam, způsoby detekce a kultivace, popisuje kapitola osmá. Základy genetiky a některé metody molekulární biologie uvádí kapitola devátá.

Desátá kapitola je kompletním přehledem mikrobiologického vyšetřování různých typů vzorků. Uvádí základy mikroskopické analýzy a přípravy preparátů, charakter prostředí laboratoře a jednotlivé metodiky detekce mikroorganismů. Specifikováno je i vyhodnocování vzorků odpadní vody a kalů. Systémové prvky jakosti a důvody uplatňování systému jakosti na poli mikrobiologie specifikuje jedenáctá kapitola. Větší část textu je věnována hygienickým indikátorům jakosti vod a jejich významu pro člověka v souladu s platnou legislativou. Termíny a definice, použité v textu, jsou ve dvanácté kapitole, tj. v terminologickém slovníku. Třináctá kapitola je přehledem doporučené literatury k dalšímu studiu oboru.