Joker, Harley Quinn, Poison Ivy, Scarecrow a ďalší najstrašnejší zloduchovia záhadne zmiznú z Arkhamovho ústavu. Batman, Robin a Batgirl sa ich snažia vystopovať, no zistia, že ani jeden z nich sa už nenachádza v Gothame. Prostredníctvom medzidimenzionálneho portálu sa dostali do New Yorku, mesta Mladých ninja korytnačiek. Hrdinovia budú musieť spojiť sily. Podarí sa im poraziť obávaných zločincov a opäť ich dostať za mreže? A kto vlastne za tým všetkým stojí? Mimozemskí Kraangovia alebo niekto úplne iný?