Po walce ze zmartwychwstałym naukowcem Ochiaiem siły Sidonii przypuszczają atak na kolosalny statek klasterowy. Jednak w wyniku zasadzki pustelniaków druga flota ponosi ogromne straty, a Tsumugi musi walczyć o życie. Tymczasem nadciągają armady pomniejszych statków klasterowych. Nagate pozostawia Norio Kunato obronę Sidonii, zaś sam zasiada za sterami gwardy z serii 20, by ruszyć na pomoc swoim przyjaciołom. Nadszedł czas na ostateczną konfrontację!